A. Pendaftaran Perkara

1. Pihak berperkara datang ke Pengadilan Agama Wamena dengan membawa surat gugatan atau permohonan.
2. Pihak berperkara menghadap petugas meja Pertama dan menyerahkan surat gugatan atau permohonan, minimal 6 (enam rangkap beserta fotokopi Kutipan Akta Nikah yang telah ditempeli materai dan cap pos dan fotokopi KTP (untuk perkara perceraian).
3. Petugas Meja Pertama (dapat) memberikan penjelasan yang dianggap perlu berkenaan dengan perkara yang diajukan menaksir panjar biaya perkara yang kemudia ditulis dalam Surat Kuasa Untuk Membayar (SKUM).
4. Pihak berperkara membayar Panjar Biaya Perkara ke Bank yang ditunjuk yang besarnya sesuai dengan jumlah yang tertera pada Surat Kuasa Untuk Membayar (SKUM).
5. Pemegang kas (kasir) menandatangani Surat Kuasa Untuk Membayar (SKUM) dan membubuhkan nomor urut perkara dan tanggal penerimaan perkara dalam Surat Kuasa Untuk Membayar (SKUM) kemudian menyerahkan tindasan pertama Surat Kuasa Untuk Membayar (SKUM) yang telah dicap lunas dan surat gugatan atau permohonan kepada pihak berperkara.

B. Penanganan Perkara Sebelum Di Persidangan

1. Perkara yang sudah didaftar di Pengadilan Agama oleh Penggugat/Pemohon selanjutnya tinggal menunggu panggilan sidang dari Juru Sita/Juru Sita Pengganti
2. Pemanggilan oleh Juru Sita/Juru Sita Pengganti kepada pihak Penggugat/Pemohon dan Tergugat/Termohon dilakukan sekurang-kurangnya 3 hari sebelum sidang sudah sampai kepada yang bersangkutan, dan langsung disampaikan kealamat Penggugat/Pemohon dan Tergugat/Termohon seperti yang tersebut dalam surat gugatan/permohonan. Jika pada saat dipanggil para pihak tidak ditemukan di alamatnya, maka panggilan disampaikan melalui Kepala Desa/Lurah dimana para pihak bertempat tinggal.
3. Jika para pihak sudah dipanggil dan datang ke Pengadilan Agama segera mendaftarkan diri di piket Meja Informasi yang tersedia, dan tinggal menunggu antrian sidang. Para pihak yang sedang, menunggu giliran sidang diruangan khusus yang tersedia sambil menonton televisi.

C. Penanganan Perkara di Persidangan

1. Upaya Perdamaian.

Pada perkara perceraian, seperti cerai gugat dan  cerai talak, hakim wajib mendamaian kedua belah pihak  berperkara pada setiap kali persidang ( Pasal 56 ayat 2, 65, 82, 83 UU No 7 Tahun 1989.  Dan selanjutnya jika kedua belah pihak hadir dipersidangan  dilanjutkan dengan mediasi  PERMA No 1 Tahun 2008.  Kedua belah pihak bebas memilih Hakim mediator yang tersedia di Pengadilan Agama Pelaihar tanpa dipungut biaya. Apabila terjadi perdamaian, maka perkaranya dicabut oleh Penggugat/Pemohon dan perkara telah selesai.

Dalam perkara perdata pada umumnya setiap permulaan sidang, sebelum pemeriksaan perkara, hakim diwajibkan mengusahakan perdamaian antara para pihak berperkara ( Pasal 154 R.Bg), dan jika tidak damai dilanjutkan dengan mediasi. Dalam mediasi ini para pihak boleh menggunakan hakim mediator yang tersedia di Pengadilan Agama tanpa dipungut biaya, kecuali para pihak menggunakan mediator dari luar yang sudah punya sertikat, maka biayanya seluruhnya ditanggung kedua belah pihak berdasarkan kesepakatan mereka. Apabila terjadi damai, maka dibuatkan akta perdamaian ( Acta Van Verglijk). Akta Perdamaian ini mempunyai kekuatan hukum yang sama dengan putusan hakim,dan dapat dieksekusi, tetapi tidak dapat dimintakan banding, kasasi dan peninjauan kembali.

Apabila tidak terjadi damai dalam mediasi, baik perkara perceraian maupun perkara perdata umum, maka proses pemeriksaan perkara dilanjutkan.

2. Pembacaan Surat Gugatan Penggugat.

Sebelum surat gugatan dibacakan, jika perkara perceraian, hakim wajib menyatakan sidang tertutup untuk umum, sementara perkara perdata umum sidangnya selalu terbuka.

Surat Gugatan Penggugat yang diajukan ke Pengadilan Agama itu dibacakan oleh Penggugat sendiri atau salah seorang majelis hakim, dan sebelum diberikan kesempatan oleh mejelis hakim kepada tergugat memberikan tanggapan/jawabannya, pihak penggugat punya hak untuk mengubah, mencabut atau mempertahankan isi surat gugatannya tersebut. Abala Penggugat menyatakan tetap tidak ada perubahan dan tambahan dalam gugatannya itu kemudian persidangan dilanjutkan ketahap berikutnya.

3. Jawaban Tergugat.

Setelah gugatan dibacakan, kemudian Tergugat diberi kesempatan mengajukan jawabannya, baik ketika sidang hari itu juga atau sidang berikutnya. Jawaban tergugat dapat dilakukan secara tertulis atau lisan ( Pasal 158 ayat (1) R.Bg). Pada tahap jawaban ini, tergugat dapat pula mengajukan eksepsi (tangkisan) atau rekonpensi (gugatan balik). Dan pihak tergugat tidak perlu membayar panjar biaya perkara.

4. Replik Penggugat.

Setelah Tergugat menyampaikan jawabannya, kemudian si penggugat diberi kesempatan untuk menanggapinya sesuai dengan pendapat penggugat. Pada tahap ini mungkin penggugat tetap mempertahankan gugatannya atau bisa pula merubah sikap dengan membenarkan jawaban/bantahan tergugat.

5. Duplik Tergugat.

Setelah penggugat menyampaikan repliknya, kemudian tergugat diberi kesempatan untuk menanggapinya/menyampaikan dupliknya. Dalam tahap ini dapat diulang-ulangi sampai ada titik temu antara penggugat dengan tergugat. Apabila acara jawab menjawab dianggap cukup oleh hakim, dan masih ada hal-hal yang tidak disepakati oleh kedua belah pihak, maka hal ini dilanjutkan dengan acara pembuktian.

6. Pembuktian.

Pada tahap ini, penggugat dan tergugat diberi kesempatan yang sama untuk mengajukan bukti-bukti, baik berupa bukti surat maupun saksi-saksi secara bergantian yang diatur oleh hakim.

7. Kesimpulan para pihak.

Pada tahap ini, baik penggugat maupun tergugat diberi kesempatan yang sama untuk mengajukan pendapat akhir yang merupakan kesimpulan hasil pemeriksaan selama sidang berlangsung menurut pandangan masing-masing. Kesimpulan yang disampaikan ini dapat berupa lisan dan dapat pula secara tertulis.

8. Musyawarah Majelis Hakim.

Rapat Permusyawaratan Majelis Hakim bersifat rahasi ( Pasal 19 ayat (3) UU No. 4 Tahun 2004. Dalam rapat permusyawaratan majelis hakim , semua hakim menyampaikan pertimbangannya atau pendapatnya baik secara lisan maupun tertulis. Jika terdapat perbedaan pendapat, maka diambil suara terbanyak, dan pendapat yang berbeda tersebut dapat dimuat dalam putusan (dissenting opinion).

9. Putusan Hakim.

Setelah selesai musyawarah majelis hakim, sesuai dengan jadwal sidang, pada tahap ini dibacakan putusan majelis hakim. Setelah dibacakan putusan tersebut, penggugat dan tergugat berhak mengajukan upaya hukum banding dalam tenggang waktu 14 hari setelah putusan diucapkan. Apabila penggugat/ tergugat tidak hadir saat dibacakan putusan, maka Juru Sita Pengadilan Agama akan menyampaikan isi/amar putusan itu kepada pihak yang tidak hadir, dan putusan baru berkekuatan hukum tetap setelah 14 hari amar putusan diterima oleh pihak yang tidak hadir itu.

Catatan:

Perkara Cerai Talak masih ada Sidang lanjutan yaitu sidang pengucapan Ikrar Talak, dan ini dilakukan setelah putusan Berkekuatan Hukum Tetap (BHT). Kedua belah pihak akan dipanggil lagi kealamatnya untuk menghadiri sidang tersebut.